A Duna Múzeum célja, hogy az általános humán, természettudományos és műszaki ismereteket integrálva, a vízzel és más természeti erőforrásokkal való gazdálkodás különböző szempontjait bemutatva tudatosítsa a nagyközönségben a környezet-, klímaváltozás és vízvédelem iránti közös és egyéni felelősséget, kutatásaival és ismeretátadó tevékenységével segítse az egységes ökológiai szemlélet társadalmi méretű kialakítását.